Nog enkele eeuwen geleden was Fuerteventura gedeeltelijk bedekt met bossen, maar werden deze bijna volledig gekapt om aan de behoefte aan brandstofmateriaal en materiaal voor de scheepsbouw te voldoen. De vegetatie die overbleef is zeer goed aangepast aan de droogte. Er is grote verscheidenheid aan doornstruiken, vetplanten, euphorbien en cactussen; sommige soorten komen alleen op de Canarische Eilanden voor, sommigen zelfs alleen op Fuerteventura. Veel van deze zeldzame planten zijn beschermde soorten.

Het ecologische systeem van deze halfwoestijn is zeer gevoelig. Als de planten worden beschadigd, b.v. door jeeps, die de wegen verlaten, kan het jaren duren voordat de planten regenereren. Ook de vele geiten, het aantal wordt op 70.000 geschat, veroorzaken grote schade, omdat zij elk jong blad onmiddellijk eten. Zonder vegetatie is het land gevoeliger voor erosie. Over kaal land stroomt meer regenwater ongebruikt in de zee en worden de grondwaterreserves minder opgevuld. Dat brengt met zich mee dat het grondwaterniveau daalt, waardoor de vegetatie het nog zwaarder heeft. Ook de landbouw loont zich minder.
De waterbehoefte, sterk verhoogd door het toerisme, wordt al voor een groot deel door ontzilt zeewater gedekt, Dit proces, waarbij het zout uit het zeewater wordt gehaald, verbruikt zeer veel energie.
Het gereinigde afvalwater uit de hotels wordt vaak gebruikt voor de irrigatie van tuinen, groenvoorzieningen en golfterreinen.
Windenergie heeft op Fuerteventura een lange geschiedenis. Op het gehele eiland vindt u oude windmolens, soms gerestaureerd, en natuurlijk ook nieuwe. In de nabijheid van Costa Calma staat een groot windenergie park.
Zonneenergie wordt ook meer en meer gebruikt, zo zijn er vuurtorens, die met zonnecellen functioneren.

Het eerste nationale park, „El Jable", werd gesticht in 1982 en beschermd het duingebied bij Corralejo en het eiland Lobos. Het gebied rond de oude hoofdstad Betancuria werd onder landschapsbescherming geplaatst. Ook bijna het volledige schiereiland Jandia staat onder bescherming. Grote delen zijn afgesloten om de vegetatie tegen geiten en jeeps te beschermen.
Zo probeert men de ruwe schoonheid en het unieke karakter van Fuerteventura te behouden.